上海超级计算中心隶属于上海市经济和信息化委员会。

上海超级计算中心下设七个部门，分别是：综合管理部、高性能计算部、人工智能与大数据部、研究发展部（科研部）、系统运维部、网络技术部、人力资源部（党办）。