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携手战“疫”,上海超算在行动 [2020-2-26]  

 
 

    新年伊始,新冠肺炎汹涌袭来,举国上下,齐心聚力共克时艰。此时此刻,奋战在战“疫”一线的,不仅有医护人员,还有日以继夜研究病毒、研发药物的科研工作者。


    为保障科研工作者尽快认知病毒、研发药物,与时间赛跑,为生命护航,上海超级计算中心在春节期间就已联合了甘肃省计算中心、江西省计算中心、苏州超级计算中心、昆山超级计算中心等兄弟单位,通过互联互通合作研究机制,统筹协调了大规模的免费计算资源,为各单位对此次冠状病毒的治疗和研究提供了药物虚拟筛选和分子动力学模拟支撑。为此,甘肃省计算中心还专门公开发布了一封对上海超算的感谢信。除了战“疫”之外,上海超级计算中心的计算资源在春节期间仍然保障7×24小时运转,为本市的其它公共服务如环境监测预报(PM2.5)、气象预报等提供算力支撑。


    超级计算机作为科学研究的必要工具,在基因测序、药物研发、病毒结构等方面可以发挥重要作用,加速研究进度。在病毒疫苗和药物的研发过程中,先要对病毒进行基因测序,了解病毒的基本结构。此时需要使用大量的计算资源进行生物信息学的比对和查找。其次,研究工作者还需要弄清楚什么样的分子可以和病毒结合,使病毒失去功能。通过超级计算机模拟不同的药物分子与病毒结合后发生的变化,也就是分子动力学模拟,可以极大的加速这一过程。因此在超级计算机上进行的基因比对、虚拟药物筛选、精确分子动力学模拟等相关计算,可以快速找到可能有效的药物结构,为后续实验阶段的化合物遴选和测试提供指导。


    上海超级计算中心是上海市在2000年成立的国内首家高性能计算公共服务平台。自成立以来,上海超算的计算设施支撑了大量基础科学、公益事业、工业工程的研发工作,如本市的环境监测预报(PM2.5)、气象预报、支线客机ARJ21、大型客机C919、国产汽车等。在历次突发公共卫生事件如SARS、禽流感等的药物研制中也发挥了重要作用。


    以下是来自甘肃省计算中心的一封感谢信:
   

   


 
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